电子油门加速器的主要缺点包括：

1. 使汽车油门反应更快更灵敏，但同时也可能增加油耗。因为电子油门加速器在油门踏板信号与汽车ECU之间进行了干预，导致汽车油耗管理功能受到影响，车辆可能会因超出合理的燃油供给系统工况而增加油耗。这在一定程度上是一种能源的浪费。

2. 电子油门加速器虽然可以过滤掉部分低扭力输出时的顿挫感，但在高速行驶时，由于车速较快，可能会产生一定的安全隐患。特别是在减速再加速的过程中，由于油门响应过于迅速灵敏，会需要车主频繁控制油门踏板以控制车速稳定。同时电子油门加速器电路产生电压可能对车上其它部件造成影响。在安装的过程中也容易对原车油门线路造成损坏和破裂，对车身本身安全带来影响。若发生相关事故及隐患容易波及行车安全装置甚至气囊等重要设备的安全风险问题。若强行使用踏板装置时踩踏板速度过快时很容易对车辆造成伤害如转速失控、车辆抖动等问题发生，有可能影响行车安全。因此，在安装电子油门加速器之前需要考虑这些因素并谨慎选择。

综上所述，虽然电子油门加速器可以提升油门响应速度，但也存在一些潜在的问题和缺点，需要在安装和使用过程中谨慎考虑和注意安全问题。此外也需根据实际情况来判断是否需要安装使用加速器并及时咨询专业维修人员对安装问题做出评估以避免潜在的安全风险问题。